چهار لاک‌پشت انسان‌نما که توسط استاد خود در هنر نینجوتسو آموزش دیده‌اند، باید یاد بگیرند که با یکدیگر همکاری کنند تا با تهدید شردر و گروه فوت کلن مقابله کنند.

لاک‌پشت‌ها و شردر بار دیگر با هم می‌جنگند، این بار بر سر آخرین کپسول حاوی ماده سمی که لاک‌پشت‌ها را به وجود آورده است؛ ماده‌ای که شردر می‌خواهد از آن برای ساخت ارتشی از جهش‌یافته‌های جدید استفاده کند. در همین حال، اسپلینتر در آستانه گرفتن یک تصمیم بزرگ است.

پس از آنکه مهاجمانی نقاب‌دار خواهر و خواهرزاده خردسالش را به قتل می‌رسانند، یک روان‌شناس زن خود عدالت را به دست می‌گیرد؛ او روزها به عنوان شاهد دفاع در دادگاه فعالیت می‌کند و شب‌ها به یک انتقام‌جوی بی‌رحم تبدیل می‌شود.

نیک و روبن توسط آقای لی بدذات به یک مسابقه رزمی شوت‌فایتر (بدون قانون و تا سر حد مرگ) کشانده می‌شوند؛ آقای لی کینه دیرینه‌ای از شینگو، قهرمان جهان این رشته و استاد نیک و روبن دارد.

کن به تازگی همراه با مادرش از کانزاس نقل مکان کرده است. او با دختری به نام جولی هم‌صحبت می‌شود، بدون اینکه بداند دوست‌پسر جولی یعنی تام، به شدت روی او حساس و انحصارطلب است. تام در حال یادگیری کاراته از لی است؛ استاد رزمی‌کاری که برادرش توسط یک پلیس تازه‌کار به نام بیلی کشته شده است. بیلی از آن زمان به عنوان سرایدار در مدرسه‌ای که کن، جولی و تام در آن درس می‌خوانند مشغول به کار شده است. وقتی کن به خاطر صحبت دوباره با جولی از تام کتک می‌خورد، بیلی با آموزش دفاع شخصی به کن کمک می‌کند؛ موضوعی که در نهایت به نبردی میان شاگرد با شاگرد و استاد با استاد منجر می‌شود.

دو جادوگر جاودانه که با کینه و یک طلسم عرفانی حاوی قدرت‌های مرگ و زندگی به هم پیوند خورده‌اند، برای آخرین بار در نبردی باستانی میان خیر و شر با یکدیگر روبرو می‌شوند.